Martin Merkel ist Ärztlicher Leiter des Endokrinologikums Hannover. Seine klinischen und wissenschaftlichen Schwerpunkte sind Endokrinologie, Diabetes, Fettstoffwechsel und seltene Stoffwechselkrankheiten; er ist in Hannover und in Hamburg ambulant tätig. 

Nach dem Studium der Humanmedizin an den Universitäten Rostock, Hamburg, Indianapolis und Houston wurde Merkel am Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf klinisch in Innere Medizin, Gastroenterologie und Endokrinologie ausgebildet sowie über „Isolation und biochemische Charakterisierung der humanen lysosomalen Lipase“ promoviert. Grundlage für die folgenden wissenschaftlichen Arbeiten auf dem Gebiet des Fettstoff­wechsels war ein dreijährigen Forschungsaufenthalt an der Rockefeller-Universität New York. Ab 1999 baute er am Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf eine eigenständige wissenschaftliche Arbeitsgruppe auf, habilitierte sich über die Lipoproteinlipase und erhielt die Venia legendi für Innere Medizin. Von 2007 – 2015 arbeite er als Oberarzt mit den Schwerpunkten Endokrinologie und Diabetes an der Asklepios Klinik St. Georg in Hamburg. Seine aktuellen Forschungsschwerpunkte sind Fettstoffwechsel, Braunes Fettgewebe, Insulinresistenz sowie seltene Stoffwechsel­krankheiten. Seit 2013 ist er Titularprofessor der Semmelweis Universität.

Merkel ist Autor und Ko-Autor von mehr als 30 Originalarbeiten in internationalen per reviewed Zeitschriften und vielfältigen Übersichtsarbeiten im deutsch- und englisch­sprachigen Raum. Weiterhin ist er Vorsitzender der ASIM (Arbeitsgemeinschaft für seltene Stoffwechselkrankheiten in der Inneren Medizin). Seine Forschungsprojekte wurden bzw. werden von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG), Fachgesellschaften, Hochschulen sowie privaten Geldgebern unterstützt.